Поплавите претставуваат потенцијален ризик за спорадично и епидемиско јавување на одредени заразни болести, како во текот така и после поплавите – тргнувајќи од епидемиолошките карактеристики на болестите и факторите на ризик, периодот на инкубација, патиштата на ширење, преносливоста, заразноста, влошување на санитарно-хигиенските услови за живот и сместување, стварање на поволни услови за развој на векторите како пренесувачи на заразни болести.
Токму поради овие можности, неопходно е да се спроведува епидемиолошки надзор во вонредни случаи, односно да се засили епидемиолошкиот надзор над заразните заболувања во тек на траењето на поплавите, како и по нивното завршување. Времетраењето на засилениот епидемиолошки надзор ќе зависи од проценката на епидемиолошката ситуација од страна на надлежните институции, во склад со дефиниците на случај за одредени болести.
Во услови на поплави, најголема е опасноста од појава на цревни заразни заболувања во епидемиска форма – ентероколитиси предизвикан од бактерии и вируси (ентеровируси), дизентерија, потоа заразните жолтици од тип А, некои зоонози како на пр. лептроспирозите, туларемија, антракс, паразитски заболувања од типот на шуга и вошливост – особено во услови на “густо” колективно сместување и многу ниско ниво на одржување на лична и колективна хигиена хигиена. Можноста за појава и ширење на респираторни заболувања (грип) исто така не се исклучува, а посебна опасност претставуваат трансмисивните болести – оние кои се пренесуваат преку крлежи и особено комарци – Западно-Нилска треска, маларија.
Важно е финкционирањето на АЛЕРТ системот за рано тревожење и сигнализирање во случај на зголемување на бројот на заболени/појава на епидемии, согласно дефиниција на случаи (акутна водена дијареа, акутна крвава дијареа, други облици на дијареа, акутна флакцидна парализа (случај сомнителен на полиомиелитис), синдром на акутна инфективна жолтица и други синдроми, и согласно ситуацијата итно реагирање.
По повлекување на водата од поплавените подрачја, потребно е да се направи механичко чистење и дезинфекција на исчистените површини, дворови, стамбени објекти (особено јавните објекти – здравство, образование….), како и дезинфекција на домови – таму каде што има регистрирани случаи на заразни заболувања.
Организирање на здравствените служби за функционирање во услови на вонредни состојби.