Одделението за вирусологија и молекуларна дијагностика е единствено од таков вид во Р.Северна Македонија. Основано е за прв пат во 1960 год. со цел: следење, проучување и лабораториско дијагностицирање на вирусните заболувања. При тоа се применуваат најсовремените дијагностички методи серолошки (имуноензимски и имуноблот), молекуларни, како и изолација на вируси на клеточни култури, при што се следи светската литература и препораките на СЗО. Од 2005 год. на одделението е акредитирано од СЗО за Национална лабораторија за Морбили и Рубеола во Р.Северна Македонија. Од 2006 год. Лабораторијата за ХИВ е назначена за Референтна лабораторија за ХИВ/СИДА во Р. Северна Македонија, во рамките на која функционира и советувалиште за бесплатно тестирање и советување. Лабораторијата за грип е номинирана од страна на МЗ за Национален Инфлуенца центар и е вклучена во Програмата на СЗО за Екстерно оценување на квалитетот за детекција на Инфлуенца вирусите. На одделението на 17 Јануари 2020 за прв пат во државата се воведе дијагностика на пандемскиот SARS –CoV-2 (Novel corona virus 2019-nCoV). Одделението е единствено во државата задолжено од СЗО во процесот на одржување на статусот на земја ослободена од полиомиелитис.
Анализи кои се работат во лабораторијата:
Детекција на RNA/DNA со RT PCR на следниве вируси:
Од Јануари 2021 се работи секвенционирање на целиот геном на SARS –CoV-2 вирусот, како и на останатите вируси од респираторниот панел. Oд Јули 2022 се работи детекција на MPXV како и секвенционирање на геномот на Monkeypox virus. Детекција на антиген или антитела на вируси со:
На Одделението се вршат и Имуноензимски тестови за докажување на антитела кон следните микроорганизми:
