Во оваа лабораторија се следи здравствената исправност на водата за пиење, согласно законските прописи, здравствената исправност на минералните води (пакувани); хигиенскиот квалитет на површинските и отпадни води од здравствено еколошки аспект, преку санитарно хемиски анализи (хемиско-токсиколошки анализи).

Оваа лабораторија е акредитирана (според ISO/IEC 17025:2005) за определување на физичко-хемиски параметри во сите типови води.