Во Одделение за контаминенти и екотоксикологија се врши определување на остатоци од пестициди во следниве матрикси: овошје и зеленчук, вода, житни производи, тутун, цвет и масло од какнабис согласно правилникот за остатоци од пестициди Сл. весник на РСМ, бр. 95 и европската фармакопеjа (Ph. Eur. 2.8.13) за производите од канабис. Се вршат и анализи за определување на микотоксини во житни производи, сушено овошје, јаткасти плодови, зачини и друго согласно правилникот за  контаминенти Сл. весник на РСМ, бр. 227  и европската фармакопеjа  (Ph. Eur.2.8.18) за производите од канабис. Опремата која се користи за испитувањата е гасна хроматографија со различни видови на детектори (MS, ECD, FTD), потоа флуориметар и ELISA читач.

Акредитирани се следниве методи:

1. Oпределување на пестициди во вода со гасен хроматограф со детектор на маси (GC-MS);
2. Oпределување на остатоци од пестициди во овошје и зеленчук со гасен хроматограф со детектор на маси (GC-MS);
3. VICAM AflaTest флуориметриска процедура за определување на вкупни афлатоксини во кикирики, производи од кикирики, бадеми, семки од кајсии, фстаци, лешници и индиски ореви;
4. VICAM AflaTest флуориметриска процедура за определување на вкупни афлатоксини во житни производи и пченка;
5. VICAM AflaTest флуориметриска процедура за определување на вкупни афлатоксини во цвет од канабис;
6. ELISA метод: определување на Вкупни Афлатоксини во жита и житни производи, јаткасти плодови, суво овошје, зачини, пиво и масла;
7. ELISA метод: определување на Охратоксин во житни производи, Пиво и Вино;
8. ELISA метод: определување на Фумонисини во житни производи и пиво;
9. ELISA метод: определување на Деоксиниваленол во житни производи и пиво;
10. ELISA метод: определување на Зеараленон во житни производи и пиво;