- врши микробиолошки испитувања на причинители на заразни заболувања, нивна идентификација и дава специјалистичко-консултативно мислење;
- врши следење на антимикробната осетливост и најчестите резистенции кон антимикробните средства на инвазивните бактериски соеви на територијата на целата држава преку CAESAR мрежата
- врши микробиолошко следење на заразни болести од интерес на јавното здравје на населението во Р. С. Македонија во согалсност со Законот за заштита на населението од заразни болести и други законски прописи;
- учествува во микробиолошко испитување на епидемии/пандемии од микробиолошки агенси преку идентификување на извори на зараза, клицоносители и патишта на пренесување; врши молекуларна дијагностика на инфективни причинители (молекуларна микробиологија), детекција на гени за резистенција кај микроорганизмите со резитенција кон една или повеќе групи на антибиотици; врши испитувања на серопреваленца кај населението кон специфични заразни заболувања;
- обавува функција на национална лабораторија за дијагноза и следење на инфлуенца, ХИВ, морбили, рубеола, арбовирусни инфекции (вирусот на Западно-нилска треска, Зика и други), вируси на хеморагични трески (Хантаан вирус и други) и други болести од јавно здравствено значење, а во согласност со Меѓународниот здравствен правилник (2005) и потребите на Р. С. Македонија.
- дава стручно-методолошка помош на Министерството за здравство од областа на микробиологијата.
- врши типизација на причинителите;
- врши медицински ентомолошки испитувања и мапирање на вектори за ендемските вектор преносливи болести во Р.С. Македонија
- врши лабораториска контрола на превземените мерки (стерилизација, имунизација);
- врши задолжителна микробиолошка дијагноза, здравствени и други испитувања предвидени со Законот за заштита на населението од заразни болести и други законски прописи;
- врши микробиолошки прегледи на вода, прехрамбени производи, храна, простории и опрема за производство, преработка и промет на прехрамбени производи со оценка на микробиолошката исправност според правилникот за храна;
- врши микробиолошка контрола во здравствените организации (операциони сали, сали за реанимација и др. простории, инструменти, материјали и др.);
- ја координира работата и укажува стручно-методолошка помош на Центрите за јавно здравје од областа на микробиологијата;
- изградува и спроведува стручно-медицински доктринарни критериуми од областа на микробиологијата;
- преку соработка со образовните институции во Р. С. Македонија учествува во образовната дејност и спроведува стручно усовршување на здравствените работници и соработници од областа на микробиологијата;
- учествува во извршување на научно-истражувачките проекти од областа на микробиологијата.
- учествува во образовната дејност и спроведува стручно усовршување на здравствените работници и соработници од областа на микробиологијата;
- учествува во извршување на научно-истражувачки проекти од областа на микробиологијата;
- врши лабораториски испитувања на водата за пиење, површинските и отпадните води во студиско истражувачките работи, ја следи загаденоста на меѓудржавните води и водотоци, врши тековен санитарен надзор над водите за пиење;
- тест за бактериски ендотоксини (LAL тест) согласно Европската фармакопеа (Ph. Eur 2.6.14) за тестирање на парентерални лекови, препарати за иригација, вода за хемодијализа, хемодијализни раствори
- стручна проценка на документација за контрола на квалитет и проценка на пакување на увезена серија на биолошки лек / вакцина;
- врши тестирање на стерилност и микробиолошка чистота на суровини за лекови и готови лекови, хербални медицински производи и екстракти;
- врши тестирање на суровини за лекови и готови лекови по однос на микробиолошка чистота и стерилност согласно барањата од европската фармакопеја,
- врши тестирање на козметички препарати по однос на микробиолошки квалитет,
- тестира антимикробна ефиканост на дезинфикециони средства,
- соработува со меѓународни референтни лаборатории од областа на микробиологија, и учествува во меѓународни мрежи за следење и дијагностика на микробиолошки агенси од интерес за јавното здравство.
- Има успешна соработка со меѓународните здравствени авторитети како СЗО, ECDC и други
- Одделот за микробиологија континуирано ќе се залага за следење и воведување на нови микробиолошки методи согласно најновите достигнувања во областа на микробиологијата, заснована на медицина базирана на докази.