Во оваа одделение се следи здравствената исправност на водата за пиење, согласно законските прописи, здравствената исправност на минералните води (пакувани); хигиенскиот квалитет на површинските и отпадни води од здравствено еколошки аспект, преку санитарно хемиски анализи (хемиско-токсиколошки анализи).

Оваа одделение е акредитирана (според ISO/IEC 17025:2005) за определување на физичко-хемиски параметри во сите типови на вода.

Одделението е опремено со инструмент за јонска хроматографија IC Dionex Aquion за определување на растворени анјони и катјони во вода.

Во одделението се изведуваат следниве акредитирани методи:

1. Определување на pH (ISO 10523: 2008)
2. Определување на електрична спроводливост (ISO 7888)
3. Определување на перманганатен индекс (Потрошувачка на KMnO4); ( ISO 8467)
4. Определување на хлориди по Mohr (ISO 9297)
5. Определување на алкалитет Вкупен m, Составен p и карбонатен алкалитет (ISO 9963-1)
6. Определување на сума од калциум и магнезиум-EDTA титриметриска метода (ISO 6059)
7. Определување на калциум -EDTA титриметриска метода( ISO 6058)
8. Определување на боја со фотометар ( MKC EN ISO 7887:2013)
9. Определување на вкупен растворен сув остаток на 105°C, 180°C и 260°C (Стандардна метода за испитување на хигиенска исправност)
10. Определување на анјони во вода (флуориди, хлориди, бромиди, нитрити, нитрати, фосфати и сулфати) со јонска хроматографија ( MKC EN ISO 10304-1:2013)
11. Определување на катјони во вода (литиум, натриум, амониум, калиум, магнезиум, калциум) со јонска хроматографија( MKC EN ISO 14911:2009)
12. Определување на железо со фотометар (MKC EN ISO 6332:2007)
13. Определување на манган со фотометар (MKC EN ISO 6333:2007)