1. докажување и идентификација на паразити во хумани примероци;
2. докажување и идентификација на паразити во вода.

Одделението за паразитологија врши паразитолошки испитувања кои според законските прописи подлежат на здравствен надзор:

1. на лица кои доаѓаат од замји каде постои епидемиолошки ризик за одредени заразни заболувања,
2. на лица вработени во производство и промет на животни продукти и вода за пиење со цел превенција на паразитарни заболувања – санитарни прегледи.

Одделението за паразитологија ја следи здравствената исправност на водата за пиење, површинските и отпадни води, согласно законските прописи. Согласно потребите за акредитација (ИСО 17025) одделението воведува целосно автоматизиран систем за мембран филтрација специјално дизајниран и наменет за паразитолошко испитување на води. Анализи кои се работат во одделението за паразитологија:

1. фецес за цисти и вегетативни форми на протозои и јајца на хелминти – нативен препарат;
2. фецес за цисти и вегетативни форми на протозои и јајца на хелминти – концентрациона метода;
3. целофански (перианален) брис за Enterobius vermicularis;
4. докажување на Trichomonas vaginalis од генитален тракт, уретрални брисеви, урина, ејакулат (полимераза верижна реакција во реално време, нативен препарат, култивирање);
5. биоптичен материјал и пунктати од органи за ткивни паразити ( нативно, диференцијално боење);
6. детекција на паразити во телесни течности и секрети ( нативно, диференцијално боење);
7. Крвна размаска за микрофиларии ( Knott’s метода) 42;
8. детекција на антиген на Giardia lamblia (имунохроматографски);
9. детекција на антиген на Crуptosporidium spp. (имунохроматографски);
10. детекција на антиген на Plasmodium falciparum (имунохроматографски);
11. детекција на антиген на Plasmodium vivax, Plasmodium ovale, Plasmodium malariae (имунохроматографски);
12. детекција на антитела IgM/IgG за микрофиларии (имунохроматографски);
13. детекција на антитела IgM за Leishmania donovani (индиректна имунофлуоресценција);
14. детекција на антитела IgG за Leishmania donovani (индиректна имунофлуоресценција);
15. детекција на антитела IgM/IgG за Leishmania donovani (имунохроматографски);
16. детекција на антитела IgG за Echinoccocus granulosus (индиректна имунофлуоресценција);
17. детекција на антитела IgA за Echinoccocus granulosus (индиректна имунофлуоресценција);
18. детекција идиференцијација на Echinoccocus granulosus / Echinoccocus multilocularis (western blot);
19. детекција на антитела Brucella spp. (квалитативен BAB тест, квантитативно - индиректна хемаглутинација);
20. детекција на антитела Entamoeba histolytica (квантитативно - индиректна хемаглутинација);
21. детекција на Chlamydia trachomatis од генитален тракт - уретрални брисеви, од урина, од конјунктива (полимераза верижна реакција во реално време);
22. детекција на Plasmodium видови во крв (полимераза верижна реакција во реално време);
23. макроскопска и микроскопска детерминација на хелминти;
24. макроскопска и микроскопска детерминација на артроподи.