Епидемиолошката дејност во Република Северна Македонија се спроведува врз основа на Законот за јавно здравје, Законот за здравствена заштита, Законот за заштита на населението од заразни болести, подзаконски акти од оваа област, како и врз основа на годишните Програми кои ги донесува Владата на Република Северна Македонија.

Согласно наведената законска регулатива, препораките на глобалната политика “Здравје за сите” и политиката “21 цел за 21 век” и понатамошна евалуација на Националната годишна Програма за јавно здравје во Република Северна Македонија, во идниот период потребно е значајно намалување на негативните ефекти на одредени заразни заболувања врз здравјето на населението и обезбедување на контрола, елиминација и ерадикација на тие заразни заболувања.

Во контекст на заложбите на Република Северна Македонија за интеграција кон Европската Унија, во идниот период епидемиолошката дејност ќе продолжи со своите активности насочени кон усогласување со правната регулатива на Европската заедница.

Приоритетни цели од доменот на епидемиологијата се:

1. Одржување на резултатите постигнати со ерадикација на детската парализа;
2. Елиминација на автохтоните мали сипаници и рубеола и превенција на конгенитална рубеола инфекција (КРИ);
3. Континуирано спроведување и засилен мониторинг на задолжителната имунизација на сите девојчиња на возраст од 12 години против ХПВ инфекција.
4. Контрола на останатите заболувањата против кои се спроведува задолжителна имунизација;
5. Намалување на високиот морбидитет од ентероколитите кај малите деца, од вирусниот хепатит А, салмонелозите и другите цревни заразни заболувања;
6. Намалување на морбидитетот од останатите вирусни хепатити Б и Ц, заради превенција на хепатоцелуларен карцином;
7. Редуцирање на опасноста од внесување и ширење на маларија и други вектор-преносливи заболувања (Западно Нилска треска, денга);
8. Намалување на опасноста од внесување и ширење на тропски и карантински заболувања;
9. Намалување на инциденцата од зоонози и вектор-преносливи заболувања, спречување на нивна епидемиска појава;
10. Превенција на природно-жаришните инфекции;
11. Превенција на ХИВ/СИДА и други сексуално преносливи инфекции;
12. Спречување и сузбивање на болнички-стекнати инфекции;
13. Следење и надзор над грипот и на заболувања слични на грип, како и на други акутни респираторни заболувања;
14. Спречување и сузбивање на заразните заболувања од поголемо епидемиолошко и социјално значење и тоа: појава на случаи на нови заразни заболувања, заболувања кои повторно се јавуваат и појава на епидемии на заразни заболувања.

• Следење, проучување, анализа и евалуација на епидемиолошката состојба, справување со актуелни проблеми поврзани со заразните заболувања на одделни подрачја и на републиката во целост.
• Прибирање, обработка и анализа на пријави за заразни болести/причинители на заразни болести и епидемиолошки анкети, теренски епидемиолошки увиди и информации за состојбите на терен, препорачување на мерки и активности за спречување и сузбивање на заразните заболувања и контрола над нивното спроведување
• Изготвување на седмодневни извештаи, месечни билтени со епидемиолошки коментар, периодични и годишни извештаи и информации, извештаи и анализи на состојбата и движењето на заразните заболувања и преземените мерки за нивно спречување и сузбивање.
• Изготвување на предлог националните Програми на полето од интерес, оперативни планови, протоколи и стручни упатства за спречување и сузбивање на заразните заболувања.
• Изготвување на оперативни планови при појава на зголемен број на заразни заболувања или епидемија, со противепидемиски мерки и активности за целата здравствена дејност.
• Спроведување на мерки и активности за спречување и сузбивање на болнички-стекнати инфекции.
• Следење и контрола на извршената профилактичка и по епидемиолошки индикации дезинфекција, дезинсекција и дератизација.
• Изготвување на годишната предлог Програма за имунизација и следење на нејзиното извршување и остварениот опфат, укажување на стручно-методолошка помош при изготвување на годишните оперативните планови, организација, изведување, следење, како и евалуација на задолжителната имунизација и изготвување на извештаи за спроведената имунизација и опфат.
•  Учество во работата на стручните тела при Министерството за здравство поврзани со превенција, спречување и сузбивање на заразните болести, како и имунизацијата (Комисијата за заразни болести, Комисија за грип, Комисија за туберкулоза, Комитететот за имунизација и други стручни тела).
• Соработка со меѓународни институции, организации и тела кои ја третираат проблематиката на полето на превенција на заразни болести и имунизација (WHO, ECDC, CDC), епидемиолошки аспект на кризни состојби.