- ekzaminime mikrobiologjike të shkaktarëve të sëmundjeve ngjitëse, identifikimi i tyre dhe ofrimi i mendimeve specialistike - konsultative;
- ndjekje të ndjeshmërinë antimikrobike dhe rezistencat më të shpeshta ndaj barnave antimikrobike antimikrobike të llojeve bakteriale invazive në të gjithë territorin e vendit përmes rrjetit CAESAR;
- ndjekje mikrobiologjike të sëmundjeve ngjitëse me interes për shëndetin publik të popullatës në R. e Maqedonisë së Veriut në pajtim me Ligjin për Mbrojtjen e Popullatës nga Sëmundjet Ngjitëse dhe rregulloret tjera ligjore;
- pjesëmarrje në hetimin mikrobiologjik të epidemive/pandemive të agjensëve mikrobiologjikë përmes identifikimit të burimeve të infeksionit, bartësve të mikrobeve dhe rrugëve të transmetimit; diagnostikim molekular të agjensëve infektivë (mikrobiologji molekulare), detektim i gjeneve për rezistencën tek mikroorganizmat me rezistencë ndaj një ose më shumë grupeve të antibiotikëve; studim të seroprevalencës tek popullata për sëmundje të veçanta ngjitëse;
- shërben si laborator kombëtar për diagnostikimin dhe monitorimin e gripit, HIV, fruthit, rubeolës, infeksioneve arbovirus (virusi i Nilit Perëndimor, Zika dhe të tjerë), viruset e etheve hemorragjike (virusi Hantaan dhe të tjerë) dhe sëmundje të tjera me rëndësi për shëndetin publik, ndërsa në përputhje me Rregulloren Ndërkombëtare të Shëndetit (2005) dhe nevojat e R. së Maqedonisë së Veriut.
- jep asistencë profesionale metodologjike për Ministrinë e Shëndetësisë nga fusha e mikrobiologjisë.
- bën tipizimin e shkaktarëve;
- kryen ekzaminime entomologjike mjekësore dhe hartëzimin e vektorëve për sëmundjet endemike që transmetohen nga vektorët në Republikën e Maqedonisë së Veriut;
- kryen kontroll laboratorik të masave të ndërmarra (sterilizim, imunizim);
- kryen diagnostikim mikrobiologjik, ekzaminime shëndetësore dhe të tjera të detyrueshme të parapara me Ligjin për Mbrojtjen e Popullatës nga Sëmundjet Ngjitëse dhe rregulloret e tjera ligjore;
- kryen ekzaminime mikrobiologjike të ujit, produkteve ushqimore, ushqimit, mjediseve dhe pajisjeve për prodhimin, përpunimin dhe distribuimin e produkteve ushqimore me vlerësim të rregullshmërisë mikrobiologjike sipas rregullores për ushqimin;
- kryen kontroll mikrobiologjik në organizatat shëndetësore (salla për operim, salla për reanimim, etj. mjedise, instrumente, materiale etj.);
- koordinon punën dhe ofron asistencë profesionale metodologjike për Qendrat e Shëndetit Publik në fushën e mikrobiologjisë;
- përcakton dhe zbaton kritere doktrinare profesionale metodologjike nga fusha e mikrobiologjisë;
- përmes bashkëpunimit me institucionet arsimore në R. e Maqedonisë së Veriut merr pjesë në aktivitetin edukativo-arsimor dhe zbaton avancim profesional të punonjësve dhe bashkëpunëtorëve shëndetësorë në fushën e mikrobiologjisë;
- merr pjesë në realizimin e projekteve hulumtuese-shkencore në fushën e mikrobiologjisë;
- kryen ekzaminime laboratorike të ujit të pijshëm, sipërfaqësor dhe ujërave të zeza në punimet hulumtuese studimore, monitoron ndotjen e ujërave dhe rrjedhave ujore ndërshtetërore, kryen mbikëqyrje sanitare të vazhdueshme të ujit të pijshëm;
- bën testin për endotoksinën bakteriale (testi LAL) sipas Farmakopesë Evropiane (Ph. Eur 2.6.14) për testimin e barnave parenterale, preparateve për irigacion, ujit për hemodializë, tretjeve për hemodializë;
- bën vlerësim profesional të dokumentacionit për kontrollin e cilësisë dhe vlerësimin e paketimit të një serie të importuar të barnave biologjike /vaksinave;
- bën testimin e sterilitetit dhe pastërtisë mikrobiologjike të lëndëve të para për barna dhe barna të gatshme, produkteve mjekësore bimore dhe ekstrakteve;
- bën testimin e lëndëve të para për barna dhe barna të gatshme në aspektin e pastërtisë mikrobiologjike dhe sterilitetit në përputhje me kërkesat e Farmakopesë Evropiane;
- bën testimin e preparateve kozmetike për nga cilësia mikrobiologjike;
- teston efikasitetin antimikrobik të dezinfektuesve,
- bashkëpunon me laboratorët referentë ndërkombëtare në fushën e mikrobiologjisë dhe merr pjesë në rrjetet ndërkombëtare për monitorimin dhe diagnostikimin e agjensëve mikrobiologjikë me interes për shëndetin publik;
- ka një bashkëpunim të suksesshëm me autoritetet ndërkombëtare shëndetësore si OBSH, ECDC dhe të tjera;
- Departamenti i mikrobiologjisë në vazhdimësi do të angazhohet për ndjekjen dhe prezantimin e metodave të reja mikrobiologjike në hap me zhvillimet më të fundit në fushën e mikrobiologjisë, bazuar në mjekësinë e bazuar në prova.