Në Njësinë e ekzaminimit të cilësisë së ushqimit kryhen ekzaminime kimike dhe fiziko-kimike të ushqimeve si pijet joalkoolike dhe alkoolike, çokollatat dhe ëmbëlsirat, mielli dhe produktet e drithërave, frutat dhe perimet dhe produktet e tyre, qumështi dhe produktet e qumështit, mishit dhe produkteve të përpunuara të mishit , yndyrnat dhe vajrat me origjine bimore dhe shtazore, lendët e para dhe aditivët në industrinë ushqimore, mjalti dhe produktet e bleteve, mëlmesat, aromat dhe koncentratet për pije freskuese, ushqimet per bebet, ushqimet për kafshët, suplementet dietike etj.
Testimi i parametrave të cilësisë së produkteve ushqimore bëhet sipas metodave standarde dhe të përcaktuara sipas rregulloreve ligjore kombëtare dhe të BE-së në fuqi. Për momentin, në këtë Njësi janë të akredituara gjithsej 33 metoda me vizionin për zgjerim këtë fushë në varësi të nevojave dhe kërkesave të rregulloreve ligjore dhe shfrytëzuesve të shërbimeve. Testimet analitike bazohen në metodat kromatografike (HPLC, GC), spektrofotometrike, ELISA, volumetrike, gravimetrike etj.
Në mostrat për ekzaminim analizohen këto parametra: përmbajtja e ujit, lënda e thatë, hiri, proteinat, yndyrat, përbërja e acideve yndyrore, sheqernat, fibrat dietike, përmbajtja e acideve organike, alkooli, ekstrakti i përgjithshëm, dendësia relative, numri i saponifikimit, numri i jodit, niveli i acidit, përmbajtja e fosfateve dhe përmbajtja e kolagjenit në mish dhe produktet e mishit, përmbajtja e nitrateve në perime dhe produkte të përpunuara, prania e alergjenit gluten në produktet pa gluten, prania e gjurmëve të qumështit në ushqim, etj. Përveç kësaj, në produktet ushqimore ekzaminohet prania e aditivëve të ndryshëm si: konservues (benzoate, sorbate), ëmbëlsues (acesulfame, aspartam, saharinë), ngjyra ushqimore artificiale, ngjyra sudan. Në suplementet ushqimore përcaktohet përmbajtja e vitaminave (hidro dhe liposolubile), prania e disa përbërësve aktivë si: koenzima Q10, hesperidina, diosmina, izoflavonet, kuercetina, xhensenozidet, acidi kinik, glukozamina, kondroitina etj. Preparatet për humbje peshe analizohen për praninë e substancave aktive farmakologjike të palejuara, të llojit të sibutraminës.
Një pjesë e aktiviteteve të Njësisë synojnë edhe përcaktimin e vlerës ushqyese të produkteve ushqimore bazuar në të dhënat analitike të fituara nga parametrat kimikë të ekzaminuar. Kuadri shumë profesional në këtë Njësi mund të ofrojë këshilla për kategorizimin e produkteve, përgatitjen e deklaracionit të produktit dhe harmonizimine deklaracionit me rregulloret ligjore që kanë të bëjnë me përbërësit, sasitë e tyre, përdorimin e pretendimeve shëndetësore dhe ushqyese, etj.
Kuadri profesional në Njësinë e ekzaminimit të cilësisë së ushqimit përbëhet nga punonjës të kualifikuar profesionalisht dhe teknikisht për punë në përputhje me kriteret e pranuara ndërkombëtarisht dhe në kontinuitet bashkëpunon me laboratorët në vend dhe ato ndërkombëtarë për avancimin e punës. Gjithashtu, kjo Njësi ka një bashkëpunim të suksesshëm me institucione të shumta brenda dhe jashtë vendit dhe është e përfshirë në realizimin e projekteve të shumta hulumtuese-shkencore, në programet vjetore të monitorimit të Agjencisë së Ushqimit dhe Veterinarisë dhe Ministrisë së Shëndetësisë.
Njësia e ekzaminimit të cilësisë së ushqimit është e akredituar sipas standardit ISO 17025 që nga viti 2006, ndërsa listën e metodave të akredituara mund ta gjeni në ueb-faqen tonë si dhe në ueb-faqen e Institutit të Akreditimit të RMV-së. Laboratori merr pjesë rregullisht në skemat e vlerësimit të kompetencave që kanë për qëllim njohjen e përgjithshme të rezultateve të testimit.