Në kuadër të Sektorit të punëve administrative dhe të logjistikës bën pjesë edhe Njësia e punëve komerciale dhe e arkëtimit të borxheve e cila merret me këto aktivitete:

1. Bën padi të kërkesave të paarkëtuara të Institutit dhe konteste të tjera;
2. Bën analizë dhe përgatitje të Planit për llojin dhe vëllimin e shërbimeve me të cilat sigurohen mjete vetanake për funksionim të Institutit;
3. Bën kontroll të arkëtimit ditor të kërkesave të Institutit;
4. Bën kontroll dhe rregullshmëri të faturave që dërgohen te palët për pagesë;
5. Bën ndjekjen e realizimit të arkëtimit të kërkesave;
6. Bën shpërndarjen e vërejtjeve para periudhës së padive;
7. Bën evidentimin e kërkesave dhe arkëtimin e tyre;
8. Bën ndjekjen e realizimit të të hyrave nga arketimi i kërkesave;
9. Bën përpilimin, likuidimin dhe dërgimin e faturave;
10. Për përgatitjen e raporteve financiare me kërkesë të menaxherit dhe Këshillit Drejtues;
11. Bën evidentimin kontabilist të kërkesave (faturim dhe arkëtim);
12. Bën ndjekjen dhe zbatimin e rregullativës ligjore nga fusha e punës komerciale dhe arkëtimit të kërkesave;
13. Bën punë të tjera nga fusha e vet.