Në Njësinë e sigurisë shëndetësore të ushqimit bëhet vlerësimi i sigurisë së produkteve ushqimore para se ato të lëshohen në treg ose bëhet kontrolli i procesit të prodhimit. Vlerësimi kryhet në bazë të analizave të kryera në laboratorët e akredituar të Institutit, në përputhje me Ligjin për Sigurinë e Ushqimit (Gazeta Zyrtare e RMV-së nr. 157/2010, si dhe ndryshimet e tij) dhe aktet nënligjore që burojnë nga Ligji.
Në bazë të të dhënave nga analizat e produkteve ushqimore në Institutin e Shëndetit Publik dhe institucionet e tjera të autorizuara, përgatitet Raporti Vjetor me vlerësimin e gjendjes së sigurisë së ushqimit.
Në këtë njësi realizohen këto aktivitete: