Në Njësinë e bakteriologjisë bëhet diagnostikimi bakterologjik i materialeve kryhet sipas indikacioneve klinike dhe epidemiologjike. Bëhet kontroll mikrobiologjik i mjedisit jo të gjallë: rregullshmëria mikrobiologjike e ajrit, rregullshmëria mikrobiologjike e sterilizimit të thatë dhe të lagësht me indikatorë biologjikë dhe rregullshmëria mikrobiologjike e mjedisit jo të gjallë - objekteve dhe sipërfaqeve.
Një kujdes i veçantë i kushtohet regjistrimit dhe monitorimit të rezistencës së llojeve bakteriale ndaj mjeteve antimikrobike.
Në laborator bëhen edhe analiza bakterologjike për praninë e baktereve te personat të cilët i nënshtrohen ekzaminimeve sanitare në pajtim me Ligjin për Mbrojtje Shëndetësore në Republikën e Maqedonisë së Veriut.
Shërbime bakterologjike: