Во одделението за безбедност на храна се изведуваат следниве активности:

1. Проценка на здравствениот ризик од микробиолошки, хемиски или физички контаминенти во храната;
2. Проценка на хемиската контаминација на храна од домашното земјоделско производство, набавена од пазарите, во однос на резидуи на пестициди, тешки метали и нитрати.
3. Проценка на просечниот дневен алиментарен внес на микотоксини и на тешки метали кај населението.
4. Одредување на нутритивната (хранлива) вредност на прехранбените производи врз основа на лабораториски анализи и со користење на таблици за нутритивен состав.
5. Курсеви за основни знаења за безбедност на храната и заштита на животната средина наменети за операторите со храна, согласно Правилникот за начинот на проверка на знаењето и издавањето на потврди за стекнати основни знаења за хигиена на храната и заштита на животната средина (Службен весник на РСМ бр.118/2015). За таа цел припремен и отпечатен е Прирачник за  основни знаења за безбедност на храната и заштита на животната средина, кој го добива секој слушател на курсот. Овој курс е наменет за сите лица кои во рамките на својата професија доаѓаат во контакт со храната.